1958年11月，内蒙古林学院在内蒙古扎兰屯市成立，这是为适应内蒙古作为全国林业生产基地的需要，党和国家在少数民族地区建立的第一所高等林业院校。当时学院有3个系4个专业：林学系、森林采伐运输工业系和林产加工工艺系，有专任教师43人，其中包括来自东北林学院和北京林学院的10名教师。1960年8月，内蒙古林学院从扎兰屯市迁至呼和浩特市。

1999年，经内蒙古自治区政府决定，教育部批准，内蒙古农牧学院和内蒙古林学院合并组建内蒙古农业大学。两校悠久的办学历史、丰富的办学资源、宝贵的办学经验不仅为内蒙古农业大学的可持续发展奠定了坚实的基础，也为内蒙古自治区高等教育办学体制改革提供了可资借鉴的经验。2000年，内蒙古农业大学被确定为国家西部大开发重点支持建设的14所院校之一，被教育部批准为联合建设的“国家大学生文化素质教育基地”院校之一。同时，内蒙古农业大学也是国家草业学会会长单位。学校下设的职业技术学院是全国高等职业技术教育示范院校建设单位。

整合后，学校的办学规模和办学实力进一步提高。调整、构建了新的学科群，学科结构更加合理，与内蒙古自治区经济建设需求结合得更加紧密，进一步扩大了学校的服务面。学校现有农、工、理、经、管、文、教、法等8个学科门类，26个二级学科，其中1个国家级重点学科、8个自治区级重点学科、1个农业部重点学科；有53个本科专业，其中蒙汉双语授课专业13个；3个博士后科研流动站、3个一级学科博士学位授权点、涵盖20个二级学科博士学位授权点、46个硕士学位授权点，形成了以本科教育为主，具有研究生教育、本科教育、专科教育、成人教育、高等职业教育的多层次、多形式的办学体系。

自整合5年来，内蒙古农业大学共承担国家、自治区级科研项目465项，项目经费1.06亿元，其中68项研究成果分获国家、省部级科技进步奖。现正在研究的国家自然科学基金项目90项，总经费1840万元。学校还建立起了三级建制、两级管理的管理体制，设有19个二级学院，1个体育教学部，1个高等教育研究所。图书馆建筑面积25000平方米，藏书131万册。现有在校生20002人，其中，硕士和博士研究生1110多人。

内蒙古农业大学的教师队伍素质优良、结构合理。学校现有专任教师1077人。其中，教授137名、副教授357名；博士生导师58名、硕士生导师273名；享受国家特殊津贴的专家70人，国家和自治区有突出贡献的中青年专家33人；5人入选国家“百千万人才工程”，37人入选自治区新世纪“321人才工程”的第一、第二层次，21人为自治区高等教育人才培养“111人才工程”第一、第二层次人选。学校共有39个实验室，其中省部级重点实验室两个：遗传育种实验室、沙地生物资源保护和培育实验室。50多年来，内蒙古农业大学已为国家培养输送了蒙、汉、回、满、藏、鄂温克、鄂伦春等民族的各类高级人才60000多名。

长期以来，学校始终把教学、科研与内蒙古自治区的农牧林业生产实践相结合作为办学的重要依托。在建设校内教学、实训基地的同时，在校外乃至周边省市区也有30多个稳定的实习、实践基地，包括内蒙古伊利集团、内蒙古蒙牛乳业集团、内蒙古草原兴发集团、大兴安岭森工集团等。学生在校期间能够较早地受到本专业综合实验操作技能的锻炼，还有很大一部分学生长时间地深入农村、牧区、林区和工矿企业生产第一线，从事生产指导、成果推广、科技开发、技术咨询及技术培训等工作。这种育人途径不仅提高了教学质量，增强了培养人才的实践能力和思想道德素质，而且充分发挥了人才、科技、信息的优势，直接服务于经济建设。

学校在对外交流工作中，与美国、日本、俄罗斯、英国、加拿大、蒙古等十几个国家的20多所大学、科研机构和民间组织建立了校际合作交流关系。现在，学校正以科学发展观为指导，为培养基础厚、口径宽、能力强、素质高，具有创新能力、实践能力和创业精神的应用型高级科技管理人才而积极奋斗。