改革开放以来，学院取得了快速发展和长足进步，形成了“严谨、求实、团结、奋进”的良好校风，教学质量和学术水平不断提高，成为内蒙古自治区医学教育的龙头，发挥着示范、辐射和带动作用。

如今，学院有基础医学院等11个教学单位、2所成人教育分院和1所卫生技术学校。开设临床医学、中医学、药学、护理学、麻醉学、口腔学、影像学等13个本科专业和医学检验、药品营销、眼视光技术等7个专科专业。有20个学科和专业具有硕士学位授予权。现有在校本科生4500余人，研究生500余人，留学生29人，各级各类在校生9800余人，形成了以培养本科生为主，同时培养研究生、专科生、留学生的多层次、多形式的办学格局。

为了进一步适应招生规模不断扩大、专业不断增多的需要，为创建以医药为主、文理工并兼的复合型大学打好基础，学院已将所有系、部都改为学院，在全院形成院中院的二级学院管理体制。为加强成人教育和职业教育基地建设，促进其发展，学院还在新并入的原内蒙古医药职工中专学校的基础之上，成立了医药应用技术学院和继续教育培训中心。

学院设有药物研究所、蒙药研究所和眼科等9个研究室；拥有3个自治区重点学科、两个自治区重点实验室、6个自治区临床医学领先学科、4个自治区临床医学重点学科和5个自治区基础医学与预防医学重点实验室；学院建有分子生物学中心、化学实验中心、电镜中心、计算机网络中心、动物实验中心及8个大型多媒体教室和5个大型语音教室。图书馆藏书37万册，是全国医学文献资源共享网络省级中心馆之一，建有电子图书馆和大型电子阅览室。为实现教育资源的共同开发和合理利用，学院已将所有实验室整合完毕。每年筹措资金180万元用于重大科研项目，科研工作逐步加强，2005年，学院获得国家自然科学基金资助项目两项。

学院有技术力量雄厚、设备先进的第一附属医院、第二附属医院和呼和浩特市铁路中心医院等三所大型直属附属医院；包钢职工医院、内蒙古一机厂医院两所大型医院分别为学院的第三、第四附属医院；学院设有18所教学医院。目前，第二附院17000平方米的门诊住院综合大楼已竣工并投入使用，第一附院66000平方米的住院部大楼竣工，临床教学基地充足，教学条件优越。内蒙古自治区心血管研究所和骨科研究所均设在内蒙古医学院。

目前，内蒙古医学院有教职工3686人（含第一附院和第二附院），其中有正高级职称人员94人，副高级职称人员465人；博士生导师2人（与北京中医药大学联合招生），博士生副导师2人（北大医学部聘请），硕士生导师125人；有19人被评为国家和自治区有突出贡献的中青年专家，51人享受政府特殊津贴。学院在自治区高校中率先进入自治区级“文明学校”行列，2001年被评为“内蒙古自治区直属高校党的建设和思想政治工作先进学校”，受到自治区党委和政府的表彰。

学院积极扩大对外交流，与日本、美国、英国、德国、荷兰、加拿大、蒙古等10多个国家的部分医学院校和科研单位建立了良好的合作关系，开展了多领域、多层次的学术交流与合作，聘请国外名誉教授30多名。最近，学院与澳大利亚和新西兰两个国家的相关机构初步达成了共同合作意向，将以护理学院为基地开展联合办学。

目前，学院招生规模、专业设置以及学位点建设正在积极进行中，计划到2007年，学院在校生规模将超过10000人，专业突破30个，硕士培养点达到25个左右，并争取建立博士点。约93.4万平方米的新校区也即将开工建设，计划在2006年完成第一期工程并投入使用。学院广大教职工正在为培养适应新世纪需要、具有创新精神的高素质医药学人才，为实现学院新的腾飞而不懈追求，努力奋斗。