该官学历来是以土默特旗蒙古族青少年为招收对象。建学之初，学生是从土默特的60个佐领拔送的聪颖儿童中选定120名，由尚书通智向朝廷奏定。教习是从本旗佐领以下官员中选定4人担任，教授蒙古文字与《清文鉴》、《三合切音》等课程。学生学业优异者赏给九品顶戴，并酌情选用于本旗的章京笔帖式。学校办学经费，包括教习的月俸钱、学生的月津贴等费用在土默特库银中支给。嗣后，土默特官学更名为启运书院，课程除蒙古文、满文和骑射外，又增设《四书》、《五经》、《圣谕广训》为必修课。

1724-1949年225年间，随着时代风云变幻，学校名称几经变更。清光绪三十三年（1907年），更启运书院名为土默特高等小学堂。这期间，学校的师生名额、膳费及经费来源等也时有变动，有时十分紧张，以至全年经费不得不由停发其他费用来凑齐。1915年，土默特高等小学堂更名为土默特高等小学校，简称“土校”。1926年曾设立中学，以后又增办蒙文专修学校，但由于时局的动荡而未坚持到底。1931年，土默特高等小学校又更名为土默特旗小学校，简称“土小”。1936-1945年，“土小”处在日伪统治的黑暗时期，强令学生学习日文，向学生灌输反共思想。抗战胜利后，“土小”处于国民党政府的控制之中，在硝烟弥漫的内战中勉强维持。据统计，从1907-1932年的25年中，大约有14个班309名学生从这里毕业，如果把因各种原因未能修完学业者计算在内，大约有500多名学生在此读书受业。

旧社会的土默特学校像漫长黑夜里的明灯，虽然饱经风霜，历程艰难，但功绩卓著。学校规模虽然不大，但在当时、当地确实是文化水准较高的学校。解放前的历任校长，如都固尔扎布、郭象伋、孙永贞、孟孔学、贺云章、昌森、荣祥、恒升等均为社会知名人士，治学有方、影响很大。学生多数来自土默特境地，他们在村学中读了《四书》、《五经》后，又来该校学习现代文化知识，其教学质量在呼和浩特地区曾一度名列前茅。民主革命时期，约有半数学生参加了辛亥革命、五四运动、北伐战争等。如：民国时期的第一班毕业生荣耀先、孟孔学和王祥等成为参加“五四”运动的先进分子；第二班毕业的有老一辈无产阶级革命家吉雅泰等；第四班包括多松年、乌兰夫、奎璧、佛鼎、高博泽布、赵诚、康根成、云润等在内的20多名毕业生成为反帝爱国运动的骨干，他们于1923年考入北京蒙藏学校后，受李大钊、赵世炎、邓中夏、韩麟符、黄日葵等革命先驱的教导和影响，发展成为在京学生运动的重要力量。乌兰夫等人先后加入中国共产党，并被中共北方区委派往苏联的中山大学、蒙古国的学校、广州的农民运动讲习所和黄埔军校等处学习。毕业后，大都成为内蒙古革命运动的骨干和领导人。大约在1934-1935年间，乌兰夫、奎璧先后回到“土小”，以庶务主任和教员身份从事地下革命工作。抗日战争时期，在贾力更等人的组织下，“土小”又有近百名学生奔赴延安和大青山抗日根据地。这些人中有的为中国人民翻身解放而英勇斗争，甚至献出了宝贵生命，有的为蒙古民族的解放和自治做出了卓越贡献。

1949年9月，“土小”回到了蒙古族人民手中，国家拨专款，学校恢复了正常的教学秩序，土默特旗各族人民都争先恐后地把子女送到这里读书。1960年，土默特旗政府迁往察素齐镇，“土小”随之脱离土默特旗由呼和浩特市教育局领导，并被确定为内蒙古自治区重点学校之一。随着国民经济的恢复、文化教育事业的发展以及隶属关系的变化，该校学生的生源越来越广，主要来自呼和浩特城郊、土默特左旗、托克托县及和林格尔县等地。1978年，“土小”更名为土默特学校至今。

土默特学校是一所历史悠久的民族学校，也是具有光荣革命传统的学校，曾经为培养少数民族人才做出了重要贡献。